2029 год. Границы между государствами окончательно рухнули, благодаря повсеместно распространившимся компьютерным сетям и кибер-технологиям. Когда давно разыскиваемый хакер по кличке «Кукловод» начинает вмешиваться в политику, «9-й Отдел» Министерства Общественной безопасности, группа кибернетически модифицированных полицейских, получает задание найти и остановить хакера. Но в ходе расследования возникает вопрос: кто же такой «Кукловод» в том мире где грань между человеком и машиной практически стерта?..

Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащенный искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги.

Вместе с напарником Тогусой Бато привлечен к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причем все роботы относятся к экспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса — не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.